RNA-seq入门实战(一)遇到的问题

运行00_prefetch.sh 后,文章显示文件结构应该是这样的:
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

实际上我的是这样的:在这里插入图片描述

01_sra2fq_qc1.sh 中找不到fasterq-dump命令,使用$(which fastq-dump)则找得到fastq-dump命令。

养成将标准输出和标准错误输出一起导入文档的习惯。其中log_2无需mkdir,输入以下命令即会生成。

nohup bash  2_cleanfq_qc2.sh >log_2 2>&1 &

4.质控清洗
在这里插入图片描述

FastQC,fastqc使用说明

学习使用IGV查看拷贝数变异