RNA-seq入门实战(一)遇到的问题
运行00_prefetch.sh 后,文章显示文件结构应该是这样的:
实际上我的是这样的:
01_sra2fq_qc1.sh 中找不到fasterq-dump命令,使用$(which fastq-dump)则找得到fastq-dump命令。
养成将标准输出和标准错误输出一起导入文档的习惯。其中log_2无需mkdir,输入以下命令即会生成。
nohup bash 2_cleanfq_qc2.sh >log_2 2>&1 &
4.质控清洗
学习使用IGV查看拷贝数变异